Se localiza en el antiguo Palacio de los Condes de Santiago de Calimaya. Es uno de los ejemplos más notables de la arquitectura barroca del siglo XVIII, obra del arquitecto Francisco Guerrero y Torres.

El Museo de la Ciudad de México, abrió sus puertas el 31 de octubre de 1964 y hoy ofrece servicios como: exhibiciones temporales que muestran la obra de artistas plásticos que expresan, a través de sus colores y técnicas, las múltiples formas de mirar y sentir la Ciudad de México; el Museo de sitio y estudio Clausell, donde se pueden visitar permanentemente recreaciones de algunas habitaciones de los condes de Calimaya como la capilla, la sacristía y la sala de música y el estudio de Joaquín Clausell; y la biblioteca Jaime Torres Bodet.

Los asistentes a este recinto también podrán disfrutar de visitas guiadas, talleres, conferencias, presentaciones de libros, conciertos y otras actividades artísticas y culturales.