Se encuentra en el ex convento de San Agustín, considerado uno de los claustros barrocos más importantes de América. Fue construido entre 1731 y 1743 bajo la supervisión de Fray Luis Martínez Lucio. Al paso del tiempo funcionó como Casa de Estudios Mayores de la Provincia Agustina de San Nicolás de Tolentino de Michoacán, cuartel militar, hospital y palacio federal, hasta que finalmente fue restaurado e inaugurado como museo el 22 de septiembre de 1988.
En el año 2000 fue dotado de una librería, equipos audiovisuales y de cómputo, con fondos del Programa de Apoyo a la Infraestructura Cultural de los Estados (PAICE) del Consejo Nacional para la Cultura y las Artes.
Tiene el objetivo de difundir la obra plástica de artistas, estatales, nacionales y extranjeros, así como organizar actividades encaminadas a la preservación del patrimonio histórico y a la difusión de la cultura y las artes.
Exhibe, principalmente, obras manieristas, barrocas, neoclásicas y modernas, procedentes de la Academia de San Carlos y de otras donaciones de artistas mexicanos.
