El discurso museográfico de las Salas de Arte Prehispánico ofrece a los visitantes una introducción a la cultura y a la historia del México antiguo (1200 a.C. a 1500 d.C.), desde su geografía, organización social e historia hasta sus expresiones artísticas.

En las ocho salas que conforman este eje de la colección conviven piezas de diversos formatos y materiales. Su riqueza muestra la pluralidad de técnicas como cerámica, tallado en piedra, labrado en hueso, fundido en oro y otros metales, así como fragmentos de pintura mural que en conjunto nos permiten conocer algunas características de la civilización mesoamericana.

Aproximadamente son 500 objetos artísticos, ceremoniales, suntuarios y funerarios provenientes del Occidente de México, la cuenca del Balsas y algunas localidades del valle de México como Tlatilco, Teotihuacán, Tula y Tenochtitlán. También se exponen ejemplares del centro de Veracruz, la cuenca del Usumacinta, Campeche, valle de Oaxaca y otras zonas de México. Estos objetos representan a las culturas olmeca, huasteca, maya, teotihuacana, nahua, zapoteca, Mezcala, del Tajín y de la tradición arqueológica tumbas de tiro, entre otras.