Edificio que albergaba el Palacio Marquesal de San Clemente. Construido en 1753 por D. Francisco Matías de Busto y Moya, primer Marqués de San Clemente. En 1831, por medio de un decreto promulgado por el Congreso del Estado, el edificio fue declarado Sede del Congreso, del Poder Judicial, del Consejo de Gobierno, de la Contaduría General y de la de Diezmos, del Ayuntamiento y de la Secretaría.
Este edificio fue demolido en 1897, y por iniciativa del gobernador Manuel Gómez de Linares, se inició la construcción de lo que hoy conocemos como el Palacio de los Poderes. Los trabajos de reacondicionamiento fueron dirigidos por el arquitecto inglés Cecilio Luis Long, a quien se comisionó para construir lo que sería la nueva sede de los Poderes Ejecutivo, Legislativo y Judicial de Guanajuato.
Fue la XX Legislatura, el 27 de octubre de 1903, la que inauguró de manera oficial el recinto. Pero fue en 2017 cuando se inauguró el Museo Palacio de los Poderes.
